反復發(fā)作或遷延不愈達2個月以上，可能與急性期治療不當或致病菌種類（福氏菌感染易轉為慢性）有關，也可能與全身情況差或胃腸道局部有慢性疾患有關。主要病理變化為結腸潰瘍性病變，潰瘍邊緣可有息肉形成，潰瘍愈合后留有瘢痕，導致腸道狹窄。分為（1）慢性遷延型患者有急性菌痢史，長期遷延不愈，腹脹或長期腹瀉，黏液膿血便，長期間歇排菌，為重要的傳染源。（2）慢性型急性發(fā)作患者有急性菌痢史，急性期后癥狀已不明顯，受涼、飲食不當?shù)日T因致使癥狀再現(xiàn)，但較急性期輕。（3）慢性隱匿型患者有菌痢史，但無臨床癥狀，大便病原菌培養(yǎng)陽性，作乙狀結腸鏡檢查可見黏膜炎癥或潰瘍等菌痢的表現(xiàn)。