江西省胸科醫(yī)院始建于1950年，是由江西省結核病防治所、江西省肺科醫(yī)院轉型發(fā)展而來（1992年增掛“江西省肺科醫(yī)院”牌子，實行兩塊牌子一套人員；2004年2月更名為“江西省胸科醫(yī)院”，同年9月增掛“江西省第三人民醫(yī)院”牌子）；是全省唯一一所集醫(yī)療、預防、教學、科研為一體的以治療胸部疾病為主的“三級甲等”專科醫(yī)院。是南昌大學醫(yī)學院和江西中醫(yī)藥大學的教學醫(yī)院和研究生培養(yǎng)定點醫(yī)院。

醫(yī)院還承擔了全省結核病及其他傳染病的定點收治任務，是江西省突發(fā)公共衛(wèi)生事件醫(yī)療救治中心；承擔了全省社區(qū)衛(wèi)生技術工作的指導、培訓任務，為江西省社區(qū)衛(wèi)生技術指導中心。2014年2月11日，經(jīng)省衛(wèi)生廳批準獲得塵肺病診斷機構資格，成為江西省唯一獲得該資質(zhì)的三級甲等醫(yī)院。

醫(yī)院于2020年6月份被確立為江西省感染性疾病臨床研究中心；2020年9月確立為國家感染性疾病臨床中心江西分中心；2021年3月獲批江西省結核病專業(yè)質(zhì)量控制中心。 2021年8月江西省衛(wèi)健委批復醫(yī)院為南昌醫(yī)學院直屬第三附屬醫(yī)院。

2020年9月份正式獲批為江西省公共衛(wèi)生臨床中心。按照“醫(yī)防一體、平戰(zhàn)結合、防治融合”的原則，“平時”承擔全省感染性疾病診療、患者癥狀監(jiān)測、疾病防治管理與健康宣教、公共衛(wèi)生與應急管理、醫(yī)療物資儲備、教育培訓等公益事業(yè)職能；“戰(zhàn)時”轉化為重大疫情防控救治基地，擔負全省公共衛(wèi)生事件應急救治職能。

2021年8月獲批南昌醫(yī)學院第三附屬醫(yī)院，促進醫(yī)教研全方位發(fā)展。

醫(yī)院分兩個院區(qū)：疊山路院區(qū)和紅谷灘院區(qū)，醫(yī)院占地面積94.91畝，建筑面積3.7665萬平方米，醫(yī)療用房3.1萬平方米。設有胸外科、心血管內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腫瘤科、結核科、神經(jīng)內(nèi)科等臨床醫(yī)技科室30個，職能科室23個，其中有1個院士工作站，3個省醫(yī)學領先學科，1個省醫(yī)學領先建設學科，1個國家衛(wèi)計委呼吸內(nèi)鏡培訓基地，1個國家中醫(yī)藥管理局重點研究室，一個省醫(yī)學會主委單位（結核病分會），5個研究型醫(yī)院主委單位（神經(jīng)感染與神經(jīng)免疫學分會、介入呼吸病學分會、胸部微創(chuàng)外科學分會、腫瘤分會、江西省保健學會肺血管介入學分會）。編制床位1000張，開放病床800張；現(xiàn)有在職職工711人，其中正副教授、正副主任醫(yī)師120名，醫(yī)學博士7名，醫(yī)學碩士80余名，碩士生導師9名。江西省衛(wèi)生系統(tǒng)高層次學術學科帶頭人1名，省衛(wèi)生廳學術技術帶頭人培養(yǎng)對象15名。配備依柯達高能直線加速器、64排全身螺旋CT掃描機、直接數(shù)字化X線攝影機、大型數(shù)字減影C型臂、史塞克電子高清胸腔鏡、電子支氣管鏡、史托斯硬質(zhì)支氣管鏡、多功能進口麻醉呼吸機、杜邦和日立全自動生化儀、血氣分折儀、DNA擴增儀、細菌快速培養(yǎng)儀、彩色超聲診斷儀、肺功能儀、呼吸睡眠監(jiān)測儀等先進設備。

2021年獲批開工的南昌九望新城新院區(qū)建設，總占地面積約為268畝，總投資25億，設置床位1950張，將全面定位以“江西省第三人民醫(yī)院為主，江西省公共衛(wèi)生臨床中心為輔的”平臺建設，增設覆蓋內(nèi)、外學科近15個新型臨床科室，利用3年左右時間建成主院區(qū)的門急診大樓、醫(yī)技大樓、綜合住院大樓、科研實驗大樓、行政綜合及配套設施部分工程；同時以重點學科建設同步進行，利用5年左右時間將扶持重點學科專項突破，開啟了“強專科、優(yōu)綜合”的特色發(fā)展新藍圖。

醫(yī)院堅持“科技興院”的理念，近年來獲省級科技成果獎13項，獲國內(nèi)先進水平的科研成果32項，填補省內(nèi)空白16項，醫(yī)學專著4部。胸外科、呼吸內(nèi)鏡介入科、結核內(nèi)科是江西省醫(yī)學領先學科，腫瘤學科是江西省醫(yī)學領先建設學科。呼吸科、心血管科、神經(jīng)危重癥學科是醫(yī)院重點建設學科。胸腔鏡微創(chuàng)外科手術、氣管支氣管鏡微創(chuàng)介入手術達國內(nèi)先進水平，難治性肺結核及耐多藥肺結核病人的治療技術處于省內(nèi)領先水平。醫(yī)院內(nèi)鏡中心2008年被衛(wèi)生部授予“國家衛(wèi)生部呼吸內(nèi)鏡培訓基地”，2017年10月被中國醫(yī)師協(xié)會內(nèi)鏡分會授予江西唯一、全國首批40家呼吸內(nèi)鏡培訓基地之一。2019年1月呼吸與危重癥醫(yī)學科通過國家PCCM規(guī)范化建設項目診室評審，為三級達標單位；介入呼吸病學入選首批單修基地。2019年11月牽頭成立了江西省呼吸介入專科醫(yī)聯(lián)體，面向全國進行內(nèi)鏡醫(yī)師培訓，年平均開展氣管、支氣管介入手術1萬例次，支氣管鏡檢查例數(shù)居全省之首。醫(yī)院率先引進開展了“大容量全肺灌洗術”，為廣大塵肺患者帶來福音，省內(nèi)外塵肺患者慕名而來，滿意而歸。

醫(yī)院不斷深化醫(yī)改舉措， 加強科學管理，提高醫(yī)療質(zhì)量水平。2017年8月牽頭組建了江西省結核病專科醫(yī)聯(lián)體，2017年9月加入了上海肺科醫(yī)院專科聯(lián)盟、北京胸科醫(yī)院創(chuàng)新聯(lián)盟及中日醫(yī)院呼吸專科醫(yī)聯(lián)體間質(zhì)性肺疾病協(xié)作組，充分優(yōu)化資源配置，形成上下聯(lián)動、優(yōu)勢互補、資源共享的運行機制；作為中華社會救助基金會“大愛清塵”基金定點醫(yī)院，全力承擔起江西地區(qū)塵肺病患者的醫(yī)療救治工作； 2017年12月與中國工程院廖萬清院士簽署成立致病真菌臨床醫(yī)學研究院士工作站，2019年11月正式掛牌“廖萬清院士團隊工作室”，建立疑難真菌感染性疾病診療體系，共同提高為百姓健康服務的水平。2018年6月通過省衛(wèi)計委專家評審，授予“第三周期醫(yī)院評審三級甲等醫(yī)院”稱號。

醫(yī)院以“厚德、仁愛、專邃、為先”為院訓，堅持以“患者第一、質(zhì)量第一、服務第一”為宗旨，以精湛的技術、良好的醫(yī)德竭誠為廣大人民群眾提供優(yōu)質(zhì)的醫(yī)療保健服務。近年來，先后榮獲“江西省省級文明單位”、“江西省群眾滿意醫(yī)院”、“江西省衛(wèi)生系統(tǒng)行風建設優(yōu)良單位”、“廳直衛(wèi)生系統(tǒng)社會治安綜合治理目標管理先進單位”“全國百姓放心示范醫(yī)院”等稱號。